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2020/12/21 12:03:21
凈信前處理儀器讓致病微生物無所遁形
Source:Shanghai Jingxin

不久前,"中國宏基因組學(xué)第二代測序技術(shù)檢測感染病原體的臨床應(yīng)用專家共識"在《中華傳染病雜志》發(fā)布,這是全球首篇針對所有感染性疾病的宏基因組學(xué)臨床應(yīng)用專家共識。二代測序病原檢測技術(shù)越來越普及,宏基因組測序(mNGS)描述了樣本中存在的所有DNA或RNA信息,此技術(shù)能夠分析整個微生物組以及患者樣本中的人類宿主基因組或轉(zhuǎn)錄組,避免用藥失誤,把握最佳治療時間,做到精準(zhǔn)醫(yī)療。

   

對于不明原因的疾病,及早的進行感染病原微生物高通量的檢測,是一種行之有效的辦法,為醫(yī)生早期診斷提供機會,為患者贏得治療的時間,又可以節(jié)省不必要的費用。2014年新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志報道過一個通過宏基因組輔助檢測治愈了一位原因不明、反復(fù)發(fā)熱、具有癲癇及腦積水癥狀的14歲男孩的案例,這是歷史上首個宏基因組臨床應(yīng)用成功的案例。文章報道這個常規(guī)治療及病原篩查都沒有確診原因,隨后對腦脊液樣本mNGS篩查,結(jié)合生物信息學(xué)分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)一種可疑的致病菌 leptospira infection,隨后針對性地使用萬古霉素和頭孢吡肟治療后出院。該團隊確認(rèn)這是一種尚未報道過的病原微生物。由此,臨床宏基因組正式應(yīng)用于微生物診斷拉開了帷幕。

   

那么,什么是病原微生物?病原微生物是指可以侵犯人體,引起感染甚至傳染病的微生物,或稱病原體。病原體中,以細菌和病毒的危害性最大。病原微生物指朊毒體、寄生蟲(原蟲、蠕蟲、醫(yī)學(xué)昆蟲)、真菌、細菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體、病毒。病原微生物已成為全球關(guān)注的焦點。據(jù)WHO統(tǒng)計,在中國,感染性疾病占所有疾病的50%以上。面對重癥感染患者,能否快速確認(rèn)感染病原體,成為后續(xù)對癥治療的關(guān)鍵。
醫(yī)學(xué)檢驗中采集病原微生物用于mNGS的樣本樣本類型主要有靜脈血、腦脊液、肺泡灌洗液、痰液、胸水和腹水、咽部分泌物、局灶穿刺物、組織等多種類型。mNGS的檢測流程可以大致分為5個步驟:核酸提取、文庫構(gòu)建、上機測序、生信分析與報告解讀。對病原微生物進行測序前處理過程中關(guān)鍵的一步就是核酸提取,因為病原微生物核酸提取效果的好壞,會直接影響到后續(xù)測序的成敗。

   

然而上核酸提取儀之前,都需要進行樣品的前處理。前處理設(shè)備的好壞直接影響著后序檢測數(shù)據(jù)的精確度、靈敏度,規(guī)范的操作也是其中重要的條件;另外,檢測的樣品如果被外部所污染,也可能會影響檢測的結(jié)果。上海凈信在前處理這塊專注了十幾年,研磨儀系列產(chǎn)品上市十幾年以來,經(jīng)得住客戶和市場的驗證,在業(yè)內(nèi)具有良好的口碑。在醫(yī)學(xué)檢驗應(yīng)用這塊也廣被客戶認(rèn)可。
凈信研磨儀能將任何來源(包括土壤、植物和動物的組織/器官、細菌、酵母、真菌、孢子、古生物標(biāo)本等)的原始DNA、RNA和蛋白質(zhì)進行提取和純化。 只要將樣品和研磨球放入研磨儀內(nèi)(配置研磨罐或離心管/適配器),在高頻擺動作用下,研磨球在研磨儀內(nèi)來回高速撞擊及摩擦,在非常短的時間內(nèi)便可完成樣品的研磨、粉碎、混合及細胞破壁。